Existen diferencias importantes entre ambos productos, que tienen que ver con las características de ambos procesos y el resultado que estos dan en composición y atributos nutricionales.

1) PROCESOS: El expeller extrusado de soja es obtenido por un método exclusivamente mecánico, en el que el poroto de soja ingresa limpio a un equipo llamado extrusor, que somete al grano a una alta presión por fricción, determinando que la temperatura se eleve y lo cocine. Esto ocurre durante algunos segundos mientras la pasta resultante progresa en el extrusor para emerger en el otro extremo donde se expande y pierde temperatura. De inmediato la pasta se desplaza hasta prensas que extraen la mayor parte del aceite, aunque permanece alrededor de 6% del mismo con la proteína. En este proceso no interviene ningún producto químico agregado.
La harina de soja (pellets) es obtenida por calentamiento del grano y lavado con un solvente químico para retirar el aceite. Ese solvente es retirado luego, quedando con la proteína una pequeña proporción de aceite (1 a 2%).

2) COMPOSICIÓN: ambos productos son concentrados proteicos pero con diferencias en el comportamiento de la proteína en rumiantes y aporte de energía por el aceite, lo que es significativo para todas las especies.
El expeller extrusado presenta mayor porcentaje de proteína pasante (PNDR proteína no degradable en rumen), alcanzando aproximadamente las 2/3 partes de la proteína total. Como ya fue dicho, aporta además alrededor de 6 % de extracto etéreo. La harina aporta alrededor de 1/3 parte de proteína pasante y un promedio de 1-2% de extracto etéreo.